Для начала делаем backup базы в кодировке latin1

Файл получается в кодировке Win1251 и красиво открывается в любом текстовом редакторе. Дальше делаем замену всего latin1 на utf8. Сохраняем.

1. Удаляем старую базу.
2. Создаем новую и указываем кодировку utf8_general_ci.
3. Загружаем данные в базу db1.
   mysql -u root db1

Или

1. Создаем новую базу с другим именем и указываем кодировку utf8_general_ci.
2. Загружаем данные в базу dbname.
   mysql -u root dbname

Теперь настраиваем подключение. Все.

Программа для перекодировки:
Encoding Converter Windows Application